Новый аналитический инструмент, разработанный для точного выявления и лечения онкологических заболеваний.
Недавние широкомасштабные усилия по классификации молекулярных данных о множественных типах рака дали так много информации, что у исследователей появился новый вопрос: как превратить все эти данные в значимую информацию, которая направляет исследования рака и лечение пациентов.
Новый аналитический инструмент, разработанный исследователями из Онкологического центра Университета Мичигана, объединяет несколько наборов данных, чтобы помочь отсеять сигнал от шума.
«Наша идея состояла в том, чтобы объединить три источника наборов данных — молекулярные данные как от раковых клеточных линий, так и от пациентов, и данные профилирования лекарств — чтобы понять правильные доклинические модели, которые наиболее характерны для этих опухолей», — говорит доктор философских наук, профессор Вирабхадран Баладандаютхапани. биостатистики в Школе общественного здравоохранения Мичиганского университета и старший автор статьи, опубликованной в Журнале клинической онкологии. которая описывает этот новый инструмент.
Инструмент, названный TransPRECISE, использует данные 7 714 выборок пациентов по 31 типу рака, собранные в рамках Атласа раковых протеом. Это в сочетании с 640 линиями раковых клеток из проекта MD Anderson Cell Lines Project и данными о чувствительности к лекарственным средствам, представляющими 481 препарат из модели геномики лекарственной чувствительности в системе рака.
«Хорошо, что это очень динамичный процесс. Мы можем настроить всю эту систему на компьютере. По мере поступления новых пациентов или новых данных, вы можете продолжать добавлять их», — говорит Рупам Бхаттачаррия, M.Stat. , докторант и первый автор на бумаге.
Графическое изображение фигуры, показывающей, как различные пути участвуют в различных типах рака. Кредит: Мичиганская Медицина
Инструмент основан на более ранней модели, созданной командой, которую они назвали PRECISE. Посмотрев в сторону точной медицины, они создали модель, чтобы посмотреть, какие изменения происходят в молекулярной структуре отдельных опухолей отдельных пациентов. TransPRECISE добавляет данные о клеточных линиях и чувствительности к лекарствам, что будет полезно для исследователей, переводящих биологию раковых клеток в открытие лекарств .
«Теперь, когда у нас есть десятки тысяч опухолей у этих пациентов, мы можем оценить потенциальную терапевтическую эффективность этих лекарств. Ключевой идеей была разработка аналитического инструмента для этого», — говорит Баладандаютхапани, который также является директором Ракельский онкологический центр поделился информацией о онкологических данных.
В статье JCO Clinical Cancer Informatics, исследователи проверили этот инструмент , сравнив известные реакции лекарств и клинические результаты в данных пациентов. TransPRECEE идентифицировал различия в белках между отдельными опухолями и точно связал их с фактическими результатами пациентов. Кроме того, они рассмотрели несколько путей, чтобы предсказать потенциальные цели наркотиков. Это дало результаты, которые отражали текущие рекомендации по лечению или цели, тестируемые в клинических испытаниях , такие как ибруутиниб для BRCA-положительного рака молочной железы и лапатиниб для рака толстой кишки.
«У нас так много данных, как мы можем детализировать их, чтобы сделать их более информативными, чтобы онколог мог понять? Наша работа потенциально могла бы помочь онкологам или исследователям разработать конкретные гипотезы, основанные на том, какой механизм работает, потенциально приводя к лучшим лекарствам, которые могут требуют большей оценки », — говорит Баладандаютхапани.
